Der Impuls zur Gründung freier Schulen in Frankfurt (Oder) entstand in den Monaten der politischen Wende des Herbstes 1989. So entstand zunächst innerhalb des Neuen Forum eine Arbeitsgruppe "Freie Schulen", aus der am 10. April 1990 die Gründung des Vereins "Initiative Waldorfpädagogik Frankfurt (Oder) e.V." hervorging.

Mit viel Engagement und Unterstützung der Goetheschule, Freie Waldorfschule Pforzheim wurden Informationsveranstaltungen und Seminare durchgeführt. Bereits im April 1990 gab es 70 Anmeldungen für eine zu gründende Waldorfschule. Noch im April 1990 wurde beim Ministerium für Bildung und Wissenschaft der damaligen Übergangsregierung der DDR der Antrag auf Schulgründung gestellt.

Mit Schreiben vom 30. August 1990 erteilte der Minister Prof. Dr. Hans Joachim Meyer die Genehmigung zum Betreiben einer Waldorfschule in Frankfurt (Oder).

7 Wochen vor Schuljahresbeginn wurde beschlossen, das ehemalige Militärpolitische Kabinett der Gesellschaft für Sport und Technik (GST) in der Oderallee 71 als Schulgebäude zu nutzen. Das Gebäude war eine alte Villa, die schon bessere Zeiten erlebt hatte, ohne geklärte Besitzverhältnisse. Es gab immerhin eine benutzbare Toilette, eine heruntergekommene Küche, undichte Fenster und marode Kachelöfen. Vereinspost und Mitgliedskarten wurden mittels gespendetem Uraltcomputer auf ehemalige Schießscheiben gedruckt, welche die GST hinterlassen hatte...

Am 1. September 1990 begann die erste Klasse mit Frau Engel als Klassenlehrerin mit dem Unterricht. 9 Kinder besuchten diese erste Klasse.

Viele der zunächst interessierten Eltern hatten sich zurückgezogen. Es gab mittlerweile die Währungsunion, die Arbeitslosigkeit nahm sprunghaft zu, viele kämpften mit plötzlich aufgetauchten Besitzansprüchen. Die Aufbruchstimmung schlug in Resignation um. Zudem stand die Übernahme des bundesdeutschen Schulsystems in Aussicht, was viele den "sicheren" Weg wählen ließ.

Am 24. November 1990 wurde die Schulgründung mit einer Feier in der Marienkirche und einem Basar im offenen Schulhaus feierlich begangen. Gleichzeitig wurde die Waldorfschule Frankfurt (Oder) als 133. Schule in den "Bund der Freien Waldorfschulen" aufgenommen.

Im Dezember 1990 eröffnete Frau Rascher die 2./3. Klasse mit 22 Schülern im Alter von 8 bis 10 Jahren.

Im März 1991 nahm der Waldorfkindergarten unter Leitung von Frau Just seine Arbeit auf.

Im Mai 1991 musste das Schulgebäude in der Oderallee auf Grund von Eigentumsansprüchen einer westdeutschen Erbengemeinschaft und bautechnischer Mängel im Dachstuhl geräumt werden. Allen Betroffenen kam das der Vertreibung aus dem Paradies gleich. Die Stadt Frankfurt (Oder) stellte der Waldorfschule eine nicht mehr genutzte Kinderkrippe in der Ernst-Schneller-Straße (später umbenannt in Wimpinastraße) 7 im Plattenbaugebiet Neuberesinchen zur Verfügung. Trotz zahlreicher Umbaumaßnahmen ist dieser Standort immer ein Notbehelf geblieben. Die Räume waren zu klein, die Decken zu niedrig, der Hof durch angrenzende Neubaublocks eingegrenzt...
Im Juli 1997 erfolgte notgedrungen wieder ein Umzug der Schule. Der Kindergarten war schon 3 Jahre vorher in den Kommunardenweg "ausgesiedelt" worden, weil das Gebäude in der Wimpinastraße längst zu klein war. 10 Klassen mit über 150 Schülern waren nicht mehr unterzubringen. So zog nun auch die Schule zum Kommunardenweg 14/15.

Am 25. Juni 1999 verlieh die Ministerin für Bildung, Jugend und Sport, Angelika Peter, der Freien Waldorfschule Frankfurt (Oder) die Eigenschaft als "anerkannte Ersatzschule".

Das Domizil im Kommunardenweg 14/15, ebenfalls in Neuberesinchen, erfüllte die Ansprüche an einen Schulbau genau so wenig wie das Haus in der Wimpinastraße. Als Kindergartengebäude errichtet, von der Stadt nicht mehr genutzt, war auch hier an einen vernünftigen Oberstufenunterricht nicht zu denken. Kleine Räume, schmale Flure und niedrige Decken forderten Lehrer und Schüler immer wieder zum Improvisieren heraus. Der Chemieunterricht musste an eine städtische Schule verlagert werden, wo nachmittags ein Fachraum zur Verfügung stand. Die Chemielehrerin transportierte die Chemikalien mittels Privat-PKW durch die Stadt... Trotzdem bestanden im Juli 2000 die ersten 5 Frankfurter Waldorfschüler ihr Abitur.

Am 22. Januar 2001 beschloss die Mitgliederversammlung die Umbenennung des Vereins. Aus dem Status einer "Initiative" war man längst hinausgewachsen, aus der Initiative wurde der Verein "Waldorfpädagogik Frankfurt (Oder) e.V."

Längst war klar, dass mit dem Aufbau der Oberstufe der Kommunardenweg nicht die letzte Lösung sein konnte, jedoch hatten sich andere hoffnungsvoll begonnene Projekte schnell zerschlagen. Entweder waren die Eigentumsverhältnisse nicht geklärt oder die Preisvorstellungen der Treuhand oder ihrer Nachfolger lagen weit jenseits der Möglichkeiten.

In 6 Jahren wurden fast 40 verschiedene Objekte und Standorte besichtigt, teilweise sogar ausgemessen und mit Planungen begonnen. Ein Vertragsabschluss kam jedoch nie zu Stande.

Im August 2001 hatte die Freie Waldorfschule Frankfurt (Oder) erstmals alle 13 Klassen besetzt. Die Folge: Das Gebäude war wieder zu klein. Und wieder zog der Kindergarten aus. Seine neue Adresse: Siedlerweg 18. Aber auch für die Schule waren die Tage im Kommunardenweg gezählt.

Am  20. November 2001 schloss der Verein "Waldorfpädagogik Frankfurt (Oder) e.V." mit der Stadt Frankfurt (Oder) einen Erbbauvertrag, mit dem der Verein ein Grundstück mit Schulgebäude(!) und Turnhalle im Weinbergweg 30 übernahm. Am 10. Dezember 2001 wurde mit dem Umbau begonnen. Im Sommer zuvor hatte die Stadt diesen Schulstandort aufgegeben. Die Monate des Leerstandes hatten ihre Spuren hinterlassen. Fenster, Waschbecken und Sanitäranlagen waren zerschlagen, die Heizungssteuerungsanlage gestohlen, Türen eingetreten, Tafeln zerstört, Teile der Elektroanlagen entwendet, Kabel aus den Wänden gerissen, Fußbodenbeläge beschädigt und Schäden durch Brandstiftung zu verzeichnen. Allein die Beseitigung dieser Schäden wurde durch das Architekturbüro mit ca. 220.000 DM eingeschätzt, was sich im Nachhinein noch als zu optimistisch herausstellte.

Im Juli 2002 bestanden alle 6 Abiturienten ihre Prüfungen, die ersten 1990 eingeschulten Schüler schlossen die 12. Klasse ab. Damit gab es erstmals Schüler, die ihre gesamte Schulzeit in der Freien Waldorfschule Frankfurt (Oder) absolvierten.

Nach nur 10 Monaten Umbauzeit, in denen gemäß Erbbauvertrag 3.000.000 DM eingesetzt werden mussten, erfolgte im Oktober 2002 der Umzug in die neue Schule. Gleichzeitig zog der Hort zum Siedlerweg.

Trotz weiter stark sinkender Einwohnerzahlen in Frankfurt (Oder) und Schulschließungen im staatlichen Bereich konnte die Freie Waldorfschule ihre Schülerzahlen stabilisieren und sogar ausbauen. Im März 2003 wurden erstmals 200 Schüler in 13 Klassen unterrichtet. Die Schüler kommen aus Frankfurt (Oder), den angrenzenden Landkreisen Oder-Spree und Märkisch Oderland sowie aus dem polnischen Słubice und dessen angrenzenden Gemeinden. Kindergarten und Hort werden derzeit von 72 Kindern besucht.

Im Juli 2003 bestanden erneut alle 8 Abiturienten erfolgreich die Prüfungen.